如果RNA的预后分数被做过了你可以试试

今天和大家分享的是19年11月发表在AnnalsofTranslationalMedicine(IF：3.)杂志上的一篇文章，“DNAmethylation-basedprognosticbiomarkersofacutemyeloidleukemiapatients”，本篇文章先对DNA甲基化和基因表达进行了差异分析，鉴定了急性髓细胞性白血病中的关键表观遗传基因。然后进行了KEGG和GO分析，PPI网络构建和模块分析，并使用SurvExpress分析获取得分最高模块的基因，构建了基于3个关键基因的预后模型，在癌症数据集中进行生存分析和风险评估。最后，用MethSurv分析探索了与AML生存相关的甲基化生物标志物。

DNAmethylation-basedprognosticbiomarkersofacutemyeloidleukemiapatients基于DNA甲基化的急性髓细胞白血病患者的预后生物标志物一、研究背景

　　急性髓细胞性白血病（AML）是一种异质性克隆性疾病，可阻止正常的髓样细胞分化。其发病率随年龄增长而增加，预后不良。在健康的造血干细胞中，表观遗传过程在细胞分化和造血过程中起着关键作用。研究表明，DNA甲基化和异常基因表达与AML密切相关，但是在AML中关键的差异甲基化基因（DMG）和差异表达基因（DEG）的作用仍不清楚。

二、分析流程三、结果解读1.识别AML中的DEG和DMG

　　作者从GEO数据库中获取了基因表达（GSE）和甲基化（GSE）的分析数据，用GEO2R分析发现了差异表达基因和差异甲基化基因后，用维恩图展示了重叠基因的情况，发现有个低甲基化/上高表达基因和个高甲基化/低表达的基因。

图1.在基因表达数据GSE和甲基化数据GSE中识别异常甲基化的差异表达基因2.KEGG通路分析与GO分析

　　验证完差异表达后，进行了KEGG分析，并选择前十个富集通路。高甲基化低表达基因在Th1和Th2细胞分化，胞吞作用，Th17细胞分化等途径显著富集。而低甲基化高表达基因在产热，卵母细胞减数分裂，癌症中的转录失调等途径显著富集。

　　接着进行了GO分析，同样选择了前十个途径。低甲基化/高表达的基因在生物学过程（BP）主要在甲基化依赖性染色质沉默的调控，组蛋白甲基化的正调控等显著富集。分子功能（MF）主要在解旋酶活性，质子转运ATP合酶活性等富集。细胞成分（CC）主要在质膜胞质侧的固有成分等富集(图2.A-C)。对于高甲基化/低表达基因，BP显著富集在细胞因子介导的信号传导途径，蛋白磷酸化，髓样白细胞介导的免疫的正调控等途径。MF主要在蛋白激酶活性，肌动蛋白丝结合等显著富集。CC主要在吞噬囊泡，吞噬囊泡膜等显著富集(图2.D-E)。

　　KEGG和GO分析中许多富集结果对分析有提示的作用，如Th1和Th2细胞分化，染色质沉默，髓样白细胞介导的免疫的正调控等等均与AML的发生发展有密切的关系。

图2.AML中异常甲基化差异表达基因参与的KEGG十大通路图3.AML中异常甲基化差异表达基因参与的GO十大途径3.PPI网络与模块选择

　　接着，作者通过STRING数据库和Cytoscape软件进行了PPI网络分析。低甲基化/上调基因的PPI网络图具有个nodes和个edges（图4），而高甲基化/下调基因的PPI网络图具有个nodes和个edges（图5）。通过MCODE插件将上述两个PPI网络图分别导入Cytoscape软件中以构建模块，设置了DegreeCutoff=10，Haircuton,K-Core=2,NodeScoreCutoff=0.2,MaxDepth=。最后将低甲基化/高表达基因构建为9个模块，将高甲基化/低表达基因构建为12个模块。作者选择了得分最高的模块，如图6所示。