在儿童白血病中鉴定出新的遗传结构变异

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　　以前无法识别的儿童白血病遗传结构变异可用于评估化学疗法过程中残留病的最小程度，并有助于确定对各种疗法的反应。 　　一项发表在BMCMedicalGenomics上的研究发现了儿童白血病以前无法识别的遗传结构变异，可用于评估整个化疗过程中最小残留疾病的存在，并有助于确定对多种疗法的反应。 　　根据研究人员的说法，利用单细胞DNA或RNA测序可以定量等位基因特异性表达的进一步研究将为突变共定位以及对基因表达和细胞表型的相关影响提供重要的额外见解。 　　“听到您的孩子患有癌症的消息令人恐惧;Nemours儿童保健系统患者的母亲索菲·海斯(SophieHayes)在新闻稿中说：“特别是他的疾病的临床表现是独特的，没有其他与他的病例匹配的研究。”“因此，当基因组结果再次出现并表明艾略特的癌症在遗传水平上并非独特时，我们非常感谢科学界和内穆尔。早期的知识使我们能够在他的治疗方法中加入更多的攻击手段，并给我们带来希望。” 　　研究人员使用了来自小儿白血病(n=32)和成人白血病受试者(n=5)的原代骨髓样品，以及细胞系MV4-11和脐带样品，研究人员使用分子条形码对目标DNA和RNA文库进行了测序浓缩技术。该技术基于锚定多重PCR技术，基于扩增子的错误校正测序(ECS)或人类癌症转录组分析。此外，进行了计算分析以定量评估各种DNA和RNA损伤的检出限(LOD)。 　　在3个时间点评估匹配的白血病患者样品，包括诊断，诱导终止(EOI)和复发。类似于急性淋巴细胞白血病(ALL)MRD的流式细胞术，这些测序策略对点突变的LOD≥0.。关于DNA结构变异，FLT3内部串联复制阳性细胞系和患者样品显示白血病基因的LOD≥0.，而以前未知的拷贝数损失也是如此。 　　此外，RNA中的ECS鉴定了多种新颖的基因融合体，包括ALL患者中的SPANT-ABL基因融合体，这些融合体可能已用于改变治疗方法。在一起，用于ECS的RNA表现出定量和复杂的RNA分子格局，其中12%的分子代表基因融合，12%的外显子重复，8%的外显子缺失和68%的保留内含子。此外，ECS-RNA的液滴数字PCR验证证实了单个mRNA分子数量的结果。 　　Nemours儿童健康系统临床生物信息学总监ErinCrowgey博士说：“基因组研究和先进技术领域的进步使我们能够找到可以更好地针对癌症孩子的靶向治疗的新变体。”发布。“小儿白血病具有多种多样且复杂的基因组结构，而较旧的测序技术缺少许多指导我们进行临床评估，风险识别和患者治疗策略的重要信息。” 　　最终目标是将基因组测试纳入常规临床实践，以便可以定期使用。尽管未来基于ECS的研究可能比当前基于流量的MRD分析提供更好的分辨率，但将已鉴定的突变与真实疾病，风险分层和治疗选择相关联需要更大，更好的表型研究。

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